مطالعه شبیه سازی صحت ارزش اصلاحی و پیشرفت ژنتیکی در صفات آستانه با ارزیابی کلاسیک و ژنومی
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی
- author رضا بهمرام
- adviser علی اصغر اسلمی نژاد مهدی امین افشار مجتبی طهمورث پور
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1392
abstract
به منظور مطالعه صحت ارزش اصلاحی و پیشرفت ژنتیکی در صفات آستانه، ژنومی متشکل از 6 کروموزوم، هر یک به طول 100 سانتی مورگان شیبه سازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی کافی و تعادل رانش- جهش بعد از 50 نسل آمیزش تصادفی در یک جمعیت با اندازه موثر 100 نفر، تعداد افراد به 1000 نفر شامل 500 نر و 500 ماده افزایش یافت. سه مقدار وراثت پذیری (0/05، 0/30 و 0/80) و چهار تعداد متفاوت برای نشانگرها (100، 200، 400 و 800) در نظر گرفته شد. هر شبیه سازی ده بار تکرار شد و نتایج میانگینی از این تکرارها بود. صحت ارزش اصلاحی و پیشرفت ژنتیکی برای صفات آستانه با استفاده از روش ژنومی و کلاسیک پیش بینی گردید. با وراثت پذیری 0/05، مقادیر صحت ارزش اصلاحی برای مسیر ژنومی و کلاسیک به ترتیب از 0/22 تا 0/45 و 0/15 تا 0/35 بود. مقدار صحت ارزش های اصلاحی برای روش های ژنومی و کلاسیک با وراثت پذیری 0/30 به ترتیب از 0/27 تا 0/61 و 0/22 تا 0/44 تغییر کرد. با وراثت-پذیری 0/80 برای روش های ژنومی و کلاسیک، به ترتیب از 0/21 تا 0/73 و 0/36 تا 0/55 بود. با وراثت پذیری 05/0، مقادیر پاسخ انتخاب برای مسیر ژنومی و کلاسیک، به ترتیب از 0/07 تا 3/45 و 47/ تا 2/85 بود. مقدار پیشرفت ژنتیکی برای روش های ژنومی و کلاسیک با وراثت پذیری 0/30 به ترتیب از 0/26 تا 12/35 و 0/42 تا 5/68 تغییر کرد. با وراثت پذیری 0/80 برای روش های ژنومی و کلاسیک، مقادیر پاسخ به انتخاب به ترتیب از 0/42 تا 15/46 و 0/91 تا 6/12 بود. استفاده از روش کلاسیک برای پیش بینی منجر به مقادیر کمتر صحت و پاسخ به انتخاب در مقایسه با روش ژنومی شد. عموماً نتایج حاکی از این بود که در بیشتر موارد، افزایش تعداد نشانگرها و وراثت پذیری می تواند برای بالا بردن صحت ارزش اصلاحی و پیشرفت ژنتیکی در صفات آستانه موثر باشد، اگرچه در هر دو مورد روش ژنومی و کلاسیک، افزودن تعداد نشانگرها در برخی موارد به ویژه بعد از 400 نشانگر منجر به کاهش در مقدار صحت و پاسخ به انتخاب شد. مقادیر صحت ارزش های اصلاحی برای صفات با وراثت پذیری کم نسبتاً بالا بود که بیانگر این بود که انتخاب ژنومی می تواند به ویژه برای بهبود انتخاب در صفات مربوط به سلامتی و باروری مفید باشد. مقایسه پاسخ-های انتخاب با نسبت های نرهای گزینشی نشان داد که بالاترین مقدار پیشرفت ژنتیکی زمانی اتفاق افتاد که درصد نرهای انتخابی 10 و 25 بود. یافته های ما بیانگر این بود که استفاده از انتخاب ژنومی می تواند برای صفات آستانه که تعدادی از صفات مهم در اصلاح نژاد را شامل می شود مفید باشد. اگرچه ما باید افت قابل توجه در صحت و پاسخ به انتخاب بعد از نسل های اولیه را در برنامه های دراز مدت اصلاح نژاد را در نظر بگیریم.
similar resources
تاثیر وراثت پذیری و تعداد جایگاه صفات کمی بر میزان صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی
در مقایسه با روش های اصلاح سنتی، استفاده از اطلاعات ژنومی باعث افزایش قابل ملاحظه ای در پاسخ به انتخاب برای حیوانات جوان فاقد رکورد فنوتیپی می شود. انتخاب ژنومیک بر انتخاب بر پایه ارزش اصلاحی برآورد شده ژنومی استوار است. هدف پژوهش حاضر بررسی تاثیر وراثت پذیری صفت و تعداد جایگاه صفات کمی بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی بوده است. به این منظور طراحی ژنوم و جمعیت مورد نیاز از طریق شبیه سازی رای...
full textصحت روشهای مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانهای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی میباشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را بهطور همزمان برآورد میکند. درنتیجه انتخاب ژنومی بهطور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی میباشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
full textارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روشهای بیزی
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...
full textتاثیر وراثت پذیری و تعداد جایگاه صفات کمی بر میزان صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی
در مقایسه با روش های اصلاح سنتی، استفاده از اطلاعات ژنومی باعث افزایش قابل ملاحظه ای در پاسخ به انتخاب برای حیوانات جوان فاقد رکورد فنوتیپی می شود. انتخاب ژنومیک بر انتخاب بر پایه ارزش اصلاحی برآورد شده ژنومی استوار است. هدف پژوهش حاضر بررسی تاثیر وراثت پذیری صفت و تعداد جایگاه صفات کمی بر صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی بوده است. به این منظور طراحی ژنوم و جمعیت مورد نیاز از طریق شبیه سازی رای...
full textمقایسه صحت برآورد ارزش های اصلاحی ژنومی و رایج با استفاده از تجزیه دوصفتی و تک صفتی
به منظور مقایسه صحت برآورد تجزیه های تک صفتی و چندصفتی ژنومی و رایج تعداد 100 حیوان غیرخویشاوند برای50 نسل، جهت ایجاد عدم تعادل پیوستگی بین جایگاه ها آمیزش تصادفی داشتند. برای هر حیوان ژنومی با طول 10مورگان و تعداد 10 کروموزوم با طول یکسان 1 مورگان، شبیه سازی شد. نشانگرهای SNP در فواصل مساوی بر روی هر کروموزوم قرار گرفتند و QTLها بصورت تصادفی روی ژنوم پخش شدند. تجزیه های تک صفتی و چند صفتی برای...
full textتاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش بینی ارزش های اصلاحی ژنومی
در این مطالعه، ژنومی متشکل از 3 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی مورگان شبیه سازی شد. تعداد متفاوت نشانگر روی هر کروموزم با تراکم مختلف (100 نشانگر با فواصل 1 سانتی مورگان، 200 نشانگر با فواصل 0/5 سانتی مورگان، 1000 نشانگر با فواصل 0/1 سانتی مورگان و 2000 نشانگر با فواصل 0/05) در نظر گرفته شد. 30 مکان صفت کمی یا QTL که به طور تصادفی روی کروموزوم پراکنده شده بودند، شبیه سازی شدند. جمعیتی ب...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023